Rafael Aleixandre Benavent imparte asignaturas y cursos de doctorado en las siguientes universidades: Universidad de Valencia; Universidad Jaume I de Castellón; Universidad de Alicante; Universidad de Barcelona; Universidad Autónoma de Madrid; Universidad Católica de Valencia, Universidad Católica de Murcia; Universidad de Deusto; Universidad Politécnica de Valencia. En el ámbito internacional, la participación como profesor en varias ediciones del master Erasmus Mundos Vintage y en la GlobHe-M SummerSchool, ambas bajo el patrocinio de la Unión Europea.
Rafael Aleixandre Benavent inició su actividad docente en el curso 1988-1989 como Becario FPI, actividad que prolongó hasta 1991. Desde 1991 hasta 1994 fue becario postdoctoral. Desde 1994 hasta 1997 impartió docencia como Profesor Asociado y desde 1997 hasta 2001 como Profesor Ayudante. Toda esta actividad docente se desempeñó en el Departamento de Historia de la Ciencia y Documentación de la Universidad de Valencia y se ha centrado en el desarrollo de la docencia teórico-práctica como profesor en varias asignaturas de grado, postgrado y doctorado en las licenciaturas de Medicina y en el Grado de Información y Documentación.
Además, ha impartido asignaturas y cursos de doctorado en las siguientes universidades: Universidad Jaume I de Castellón; Universidad de Alicante; Universidad de Barcelona; Universidad Autónoma de Madrid; Universidad Católica de Valencia, Universidad Católica de Murcia; Universidad de Deusto; Universidad Politécnica de Valencia.
En el ámbito internacional, debe destacarse su participación como profesor en varias ediciones del master Erasmus Mundus Vintage y en la GlobHe-M Summer School, ambas bajo el patrocinio de la Unión Europea.